ااز نوشته های قدیم بر می آید که پنیر را از زمان بسیار گذشته به عنوان غذا مصرف می کرده اند . تاریخ دقیق تهیۀ پنیر مشخص نیست ، اما به نظر می رسد که مربوط به فاصلۀ بین اهلی کردن گاویعنی حدود نه هزار سال پیش از میلاد تا دوران کتاب مقدس (پنج تا سه هزار سال پیش از میلاد ) باشد . از نوشته های دو هزار سال پیش از میلاد بر می آید که پنیر کالایی معمولی و قابل داد و ستد بوده است . یونانیان پنیر را غذایی آسمانی می پنداشتند و آن را تقدیم خدایان خود می کردند . رومیان به توسعۀ صنعت پنیر سازی  مخصوصأ نوعی از آن که در قبرس تهیه می شد پرداختند ، از قرون اولیۀ میلادی تا زمان چنگیز خان رسم بر آن بود که سربازان پنیر را با خود داشته باشند . اهالی مشرق زمین در طول جنگ های صلیبی یعنی از قرن یازدهم تا سیزدهم میلادی از پنیر با صورت یک مادۀ مهم غذایی استفاده می کردند. سربازانی که از جنگ به اروپا بازگشتند انواع مختلف پنیر ساخت مشرق و دستور ساختن آن ها را با خود به غرب بردند .

صنعت پنیر سازی در امریکا به وسیلۀ مهاجران انگلیسی که هم پنیر و هم گاو را با خود به امریکا بردند رایج شد . پنیر کوتاژ و چدار در خانه ها تهیه می شد . در سال 1851 نخستین کارخانه پنیر سازی در امریکا دایر شد . بنابر منابع علمی در دهۀ 1970 ایالات متحده با تولید سالانۀ 5/1 میلیون تن ، فرانسه با 75% میلیون تن ، شوروی با 5% میلیون تن به ترتیب مقام های اول تا سوم را درتولید جهانی پنیر داشته اند. مصرف جهانی پنیر به نحوی محسوس رو به افزایش است و هر سال تقریبأ 250 هزار تن بر مصرف سال قبل افزوده می شود . بنابر گزارش های علمی تولید جهانی پنیر در سال 1974 بالغ بر شش میلیون تن بوده است . بنا بر نوشتۀ یکی از محققان (کاسی کووسکی) در حال حاضر بالغ بر دو هزار نوع پنیر در دنیا وجود دارد. وی منشأ پنیر را جنوب غربی آسیا در هشت هزار سال پیش می داند و معتقد است که رومی ها بین 60 پیش از میلاد تا 300 بعد از میلاد با فتح کشور های اروپایی موجب بهبود و تنوع این نوع محصول شدند. بازتاب رواج پنیر سازی به وسیلۀ  رومی ها از ریشه یابی واژۀ  پنیر در انگلیسی که «چیز» (chees ) تلفظ می شود و از Caseus لاتینی گرفته شده است مشخص  می شود . پنیر را میتوان غیر از شیر گاو از شیر بز، گاومیش آبی، گاومیش دم کلفت، گوزن شمالی ، ولاما به دست می آورد.در حقیقت شیر هر پستان داری قابلیت تحول به پنیر را دارد . در دهۀ 1970 هرینگتون (Herington) از دانشگاه کرنل، شیر دوشی برای دوشیدن شیر خوکچۀ هندی فراهم کرد . همین طور شیر دوشی برای دوشیدن شیر موش هم تهیه شده است، اما شیر این جانوران به حدّی کم است که ارزش پنیر سازی را ندارد! مزۀ پنیر بستگی به منبع شیر دارد . مثلأ شیر بزپنیری  را ارایه می دهد که مزۀ آن تند تر و محرک تر از پنیر گاواست زیرا چربی شیر بز اسید های کاپروئیک ، کاپریلیک ، و کاپریک بیشتری نسبت به چربی شیر گاو دارد.اسید کاپریلیک شیر میش حتی بیشتر از مقدار این اسید در شیر بز است .ترکیب شیر در رنگ پنیر هم موثر است مثلأ شیر میش،گاومیش ، وبعضی بزها فاقد یا دارای مقدار کم رنگیزۀ زرد رنگ بتا کاروتن است . به این جهت پنیر حاصل از آنها سفید رنگ است ، اما پنیر شیر گاو که بستگی به نوع و خوراک گاو و همچنین فصل دارد از کاهی تا زرد آلاله ای در تغییر است . در برابر میلیونها تن پنیری که امروزه تولید می شود احتمالأ بشر چند هزار سال پیش  بر حسب تصادف و بدون طرح قبلی به تولید چند کیلو پنیرنایل آمده است بشر اولیه شیر را نیز مانند آب در پوست جانوران (مشک) به ویژه در معده آنها نگاهداری می کرده است هنگامی که شیر در معده جانور قرار می گرفت تحت تأ ثیر آنزیم های دیواره ی معده به ویژه رنین  یا کیموسین و پپسین و نیز باکتری های بومی خود به پنیر تحول می یافت . رنین تا به امروز نیز برای تهیه پنیر به کار می رود و آن را به صورت پنیر مایه از بخش چهارم معده (شیردان) گوساله هایی که از شیر گرفته شده اند به دست می آورند .  در ایران پنیر مایه را معمولأ از معده ی بره های تودلی به دست می آورند. تولید مصرف روز افزون پنیر در سراسر جهان موجب کمبود پنیر مایه به افزایش قیمت جهانی آن شد . مخلوط پنیر مایه و پپسین به نسبت مساوی تا حدودی از التهاب بازار پررونق این ماده کاست ، اما تحقیق در زمینۀ جانشین ساختن ماده ای از گیاه یا میکروبها به جای پنیر مایه ادامه پیدا کرد و سر انجام منجر به تولید آن ازنوعی میکروب شد . در ایران برای تهیۀ پنیر تازه فقط پنیر مایه را به شیری که تا حدود 37 درجه گرم شده است می افزایند. سازندگان پنیر بطور تجربی در یافته اند که شیر را نباید حرارت بدهند و بجوشانند. جوشاندن شیر موجب انهدام بسیاری از ارگانیسم های موجود در شیر از جمله باکتری های تولید کننده ی اسید می شود و تولید اسید و فراهم شدن نقطه ای ایزو  الکتریک پروتئین شیر تامین نمی شود. بدیهی است فعالیت پنیر مایه در جهت تسهیل انعقاذ شیر در محیط اسیدی صورت می گیرد . اگر ph شیر جوشیده و نجوشیده را بر اثر افزایش اسید پایین بیاوریم ، شیر بدون اضافه شدن پنیر مایه هم منعقد می شود بعضی  از خانم های خانه دار ایرانی که به طور تجربی از این پدیده آگاه شده اند بر شیرجوشیده ای که سرد شده  است سرکه می افزایند و بخش منعقد شده را که بلا فاصله حاصل می شود تحت فشار قرار می دهند به نظر خود پنیر تهیه می کنند . اما چنین محصولی را نمی توان پنیر نامید زیرا پنیر از لحاظ علمی محصول منعقد شده ای از شیر است که تا حدودی تخمیر یافته و از مزه و تغییرات خاصی بر خوردار است . همانطور که گفته شد پنیر اصولا با ترش شدن شیر در نتیجه فعالیت باکتری ها و تحول لاکتوز به اسید لاکتیک شروع می شود . نزول ph موجب انعقاد پروتین شیر میشود . افزودن انزیم رنین فرایند انعقاد را تسهیل می کند . با انعقاد پروتین محصولی به نام شیر بسته (دلمه) به وجود می آید .که با جدا کردن آن از آب پنیر ، پنیر تازه ای مانند کوتاژ بدست می آید از ارگانیسم هایی که در تولید پنیر دخالت دارند می توان از استر پتوکوکوس لاکتیس ، استر پتو کوکوس سر موریس (str.cremoris) و لوکونوستوک نام برد . در فرآیند تولید پنیر گرمای 31درجه را به مدت 6 ساعت به کار می بردند پس از برداشتن شیر بسته از گرم خانه آن را تحت فشار قرار می دهند تا آب زیادی خارج شود چنین پنیری باید در یخچال نگاهداری شود و ظرف دو هفته به مصرف برسد .در صورتی که سر شیر را بجای شیرمنعقد کنند. محصولی بنام پنیر خامه به دست می اید.پنیرهای دیگر رانیز در معرض عمل باکتری ها یی که از خارج به شیر اضافه می کنند میگذارند. پنیرها را بنابر آب به چهار گروه نرم,نیمه نرم ,سخت ,و خیلی سخت تقسیم می کنند . بری وکاممبرت پنیرهایی نرم اند که در رسیدن انها رشد قارچ هایی مانند ژوتریکوم بر سطح شیر بسته پرس شده دخالت دارد. پنیر را کفرت پنیری نیمه نرم است که رسیدن ان با رشد کفک ابی قهوه ایی پنی سیلیوم را کفرتی که در جمیع قسمت های شیر پراکندگی پیدا میکند همراه است . پنیر را کفرت سابقه ای بسیار طولانی و احتمالا" بیش از 2000سال دارد . برای تهیه این پنیر که مخصوص ناحیه ای به همین نام در جنوب غربی فرانسه است . کلا"از شیر میش استفاده ی شود .جریان اب های زیر زمینی,درجه حرارت و رطوبت غارهای اهکی طبیعی این ناحیه را ثابت نگاه می دارد.سالانه قریب 30میلیون پوند پنیر را کفرت تهیه میشود پنیر ابی رنگ انگلیسی استیاتون معادل پنیر را کفرت فرانسوی است .این پنیرها 8/3درصد چربی دارند رسیدن اکثر پنیر های سخت از جمله پنیر سویسی و چدار به وسیله عمل باکتریها صورت می گیرد باکتری های اسید پروپیونیک شیر بسته را به پنیر سویسی که پنیری سخت و سوراخ دار است تبدیل میکنند. در فرایند اسید پروپیونیک و گاز کربنیک حاصل به ترتیب موجب تولید مزه خاص و سوراخ های غار زنبوری در این پنیر میشوند .برای تهیه پنیر چدار که پنیری سخت است و دلخواه انگلیسی هاست کشت های آغاز گر از نوع استر پتوکوکوس ترموفیلموس و پنیر مایه (برای سهولت عمل انعقاد) را به شیر پاستوریزه می افزایند .پس از 45دقیقه به گرم گرفتن در حرارت 38درجه ,فر ایند چدارینگ را انجام میدهند . و واژه چدارینگ از دهکده چدار در انگلستان گرفته شده است در گذشته که از شیر خام با داشتن باکتری های مدفوعی زیاد و در نتیجه تولید گازهای دی اکسید کربن هیدروژن ،و هیدروژن سولفورۀ فراوان استفاده می کردند بو و مزه این پنیر نا مطبوع می شد به همین جهت فرآیند چدارینگ را معمول داشتند در این فرآیند شیر بسته گرم را به قطعاتی بریده روی هم می گذارند با این عمل ph سریعأ به 2/5 تا 3/5 می رسد و به مرگ یا باز داشته شدن رشد کلی فرم ها منجر میشود. قرار دادن قطعات بر روی هم خروج گازها را از شیر بسته را نیز موجب می شود.